सरकार चालवितांना मुख्यमंत्री एकनाथ शिंदे व उपमुख्यमंत्री अजित पवार यांच्याबरोबर अनेक निर्णय व मुद्द्यांवर फडणवीस यांचे वाद झाले आहेत.त्यावेळी आणि निवडणूक जागावाटपात पक्षश्रेष्ठींनी शिंदे-पवार यांना झुकते माप दिले त्यामुळे तीन पायांचे सरकार चालवितांना कंटाळलेल्या फडणवीस यांनी आता त्यातून बाहेर पडून पक्षाची जबाबदारी सांभाळण्याचा मनोदय जाहीर केला आहे.मात्र फडणवीस यांना सरकार चालविताना पर्याय कोण आणि विधानसभा निवडणुकीला सामोरे जाण्यासाठी गतिमानतेने निर्णय घेण्याची क्षमता असलेला दुसरा नेता कोण आहे ? हा प्रश्न पक्षश्रेष्ठींना पडला आहे त्यामुळे आता फडणवीस यांच्याबरोबरच भाजप पक्षश्रेष्ठी शिंदे-पवार यांच्याशीही चर्चा करून निर्णय घेण्याची शक्यता आहे.